Desarrollo de soluciones bioinformáticas innovadoras aplicadas a la genómica funcional. “Evaluación de receptores de tipo Quinasas en transcriptomas públicos de Helianthus annuus en respuesta a la infección a hongos fitopatógenos

Abstract

Las proteínas RLK (Receptor-Like Kinases) son un tipo de proteínas que tienen un dominio LRR (Leucine-Rich Repeat) que les permite reconocer y unirse a diferentes moléculas que pueden ser señales de la presencia de patógenos, como proteínas, péptidos o lípidos. La expresión de estas proteínas depende de la interacción con los patógenos y puede ser regulada por el splicing alternativo, un proceso que genera diferentes variantes de un mismo gen. Se ha observado que el splicing alternativo afecta a más del 40% de los genes de la familia RLK y que algunos cambios en el splicing están relacionados con la capacidad de resistir o sucumbir a la infección. Una de las aplicaciones de estudiar las RLK es predecir su función en la defensa de las plantas contra los patógenos, lo cual es un desafío que aún no se ha abordado en el girasol, una especie de interés agronómico. Sin embargo, existen antecedentes de otros organismos vegetales, como Arabidopsis, arroz, tomate, citrus, entre otros, que han permitido identificar y caracterizar las RLK en sus genomas. Además, se ha encontrado que hay una diversidad de RLK entre diferentes especies, genomas y variedades de plantas. Este proyecto tiene como objetivo no solo cuantificar y caracterizar el conjunto de proteínas kinasa, o kinoma, en el girasol, con especial atención en las RLK, sino también realizar un análisis del nivel de expresión y splicing alternativo de las RLK en la especie, utilizando datos de secuenciación públicos.